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Programmation pour la bio-informatique
L’objectif de cette unité d’enseignement est d’assurer aux biologistes une certaine autonomie en bioinformatique pour le développement d’outils spécifiques à leur problématique biologique. Ceci sera fait par l'initiation à la programmation en python et R.
Cet enseignement ne vise pas simplement à ce que les étudiants maîtrisent la syntaxe de ces langages, mais aussi à ce qu’ils sachent mettre à profit les spécificités de chacun, en particulier dans les structures de données et l’utilisation des structures de contrôle.
En ce qui concerne python, les étudiants apprendront également comment utiliser la programmation orientée-objet pour gérer des informations complexes issues de données hétérogènes, à l’image des données usuelles en biologie. En ce qui concerne R, les étudiants exploreront l’utilité de la programmation vectorielle ainsi que la richesse des représentations graphiques.
L’UE est uniquement sous la forme d’un enseignement pratique devant ordinateur. Pour illustrer l’intérêt interdisciplinaire de l’informatique, ce travail sera une occasion pour les étudiants d’appréhender des problématiques biologiques complexes. En python, il s’agira de génétique des populations, par la conception et la simulation de dynamiques évolutives mettant en jeu des mécanismes aussi réalistes que possible, à confronter avec statistiques connues. En R, il s’agira de mise en compétition de stratégies de partage de ressources entre individus, et de gestion de risques dans l’accès à ces ressources.