Travaux Pratiques: acquisition et analyse de données en écologie

Pré-requis : UE optionnelle « Ecologie : de l’organisme à la population »

L’UE est un enseignement pratique se déroulant sur deux semaines, l’une pour préparer puis réaliser  la récolte sur le terrain de données en écologie, et l’autre pour  préparer et réaliser l’analyse statistique de ces données et/ou d’autres données issues de la littérature.

Le site de terrain pourra par exemple être le parc de Miribel-Jonage et alentours. Différents ateliers seront proposés, comme l’analyse de communautés d’oiseaux par points d'écoute, l’analyse de la couverture forestière locale ou encore des expériences de repasse pour étudier le comportement d’oiseaux. La semaine suivante en salle informatique consistera à l’analyse des données récoltées, complétées par l’analyse de données publiques sur des sujets connexes. Ces analyses ainsi que les représentations graphiques seront réalisées avec le logiciel R. Lors du TP, des cours concis introduisant des approches pratiques et statistiques utiles en écologie et plus largement en biologie seront proposés. Il s’agira par exemple de présentations basiques d’analyses multivariées classiques (ACP, AFC), des modèles linéaires et modèles linéaires généralisés. Une attention particulière sera apportée à la reproductibilité des analyses.

Les objectifs détaillés sont les suivants :

-concevoir et réaliser un plan et un protocole d’échantillonnage, adapté à la biologie des communautés végétales et animales, et en lien à une question de recherche.

-découvrir le travail de terrain en écologie et les contraintes qui lui sont propres (adaptations aux contraintes climatiques, à la biologie des organismes, etc.).

-appréhender et résoudre les difficultés associées à l’acquisition numérique des données en vue de leur analyse par un logiciel de statistiques (gestion des erreurs de saisie, saisie dans un format adapté, etc.).

-approfondir l’utilisation du logiciel de statistiques R.

-découvrir et utiliser des méthodes d’analyse de données multivariées dans le but de faire ressortir des résultats de jeux de données complexes issus du terrain et de la littérature.

- approfondir et utiliser les modèles linéaires et les tests statistiques de base.

-interpréter et mettre en perspective les résultats en les comparant à des éléments de la littérature scientifique.

-présenter les résultats sous forme orale au reste de la classe.

Au total, environ 70h sur 2 semaines, la répartition  CM/TP est indicative, avec un très large excès de TP.

-8 heures de cours magistraux-8 heures TP présentation des méthodes de terrain et préparation de l’échantillonnage

-18 heures TP terrain

-25 heures TP bioinfo

-5 heures exposés des étudiants + 5h préparation