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Practicals in Bio-modelling
Responsables : Nicolas Goudemand
3 crédits ECTS, 36h de TP
Lors des dernières années, la biologie a connu deux transitions majeures dans les sorties expérimentales : plus de quantitatif et une explosion du nombre de données. L’analyse et l’intégration de ces données requièrent, d’une part, l’utilisation de méthodes statistiques pour réduire la complexité des données et pouvoir atteindre des conclusions, et, d’autre part, la construction de modèles mécanistiques à partir des hypothèses atteintes afin de les tester expérimentalement.
Dans ce contexte, l’objectif principal de ces travaux pratiques et d’introduire un ensemble d’outils de modélisation et de les utiliser pour résoudre des problèmes bien définis. Selon les années et les groupes d’étudiants, le focus sera sur les méthodes statistiques — paramétrique, non-paramétriques, multidimensionnelles, etc. — ou sur les modèles mécanistiques — équations différentielles et modèles d’agent, modèles déterministes ou stochastiques, etc.
L’UE commencera par une introduction méthodologique et une présentation d’outils informatiques tels que R, Scilab ou CellDesigner. L’introduction résumera les bases de façon adaptée au niveau des étudiants. Ensuite, les étudiants travailleront en petits groupes sur des questions qu’ils auront formulées avec l’aide des enseignants. Chaque groupe présentera et discutera ses résultats en détail devant la classe et les enseignants.