M2 Practicals in confocal microscopy and quantification in 2-4 dimensions

Responsable

Pradeep Das

3 crédits ECTS, 36h de TP

Objectifs et organisation

Il s'agit d'une formation intensive sur les techniques de pointe de la microscopie optique.

Le TP couvrira d'abord les bases de la microscopie confocale, puis passera aux techniques plus avancées. Au cours des premiers jours, tous les participants auront vu plusieurs microscopes confocals différents : un Leica SP8 avec balayage de résonance, ainsi que plusieurs machines Zeiss, tel que le LSM980 inversé avec Airyscan2, Elyra super-résolution et le LSM710 droit. Bien que le cours soit centré sur la microscopie optique, nous réaliserons également des expériences avec le JPK Nanowizard III, microscope à force atomique (AFM). Dans chaque type de microscopie, un ou plusieurs types d'expériences seront réalisés en utilisant différents échantillons.

L'analyse d'images sera un élément essentiel de l'UE. Nous utiliserons une variété de logiciels d'analyse, y compris des logiciels standards tel que ImageJ, ainsi que des programmes plus spécialisés (par exemple MorphoGraphX) et des logiciels fait maison (par exemple MARS et les scripts python correspondants) pour effectuer des reconstructions 3D complètes.

Le TP sera organisé sous la forme d'une série d'ateliers expérimentaux, où les étudiants travailleront en binômes ou trinômes afin de réaliser de multiples expériences autour d'un seul thème (par exemple, la biologie mécanique). Cela permettra de partager ensuite les résultats obtenus en utilisant diverses approches expérimentales, afin de comparer leurs résultats techniques et de tirer des conclusions biologiques de plus haut niveau.

Plusieurs experts, notamment du PLATIM (plateforme de microscopie de l'ENS) guideront et assisteront le cours de différentes manières. Les étudiants ayant été formés sur des microscopes spécifiques (par exemple au cours d'un de leurs stages) seront autorisés à assister leurs camarades de classe sur des expériences à ces stations.

En plus des travaux pratiques en laboratoire, le TP comprendra également des séances d'introduction en classe et des exposés dirigés par les étudiants.

PrErequis

Aucun

 Modalités de controle des connaissances

• 60% de contrôle continu sur les la participation lors du TP, des ‘topos techniques’ (sur une des techniques aborder en TP) et la présentation (en groupe) des résultats de la semaine.
• 40% de contrôle final correspondant à un court rapport écrit.