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Practicals in imaging : from samples to quantification

Responsables : Dominique Baas et Pradeep Das

3 crédits ECTS, 36h de TP

Résumé : L’objectif de cette UE est d'acquérir des approches pour la visualisation d’échantillons animaux et végétaux par différents types de microcopies optiques et électroniques.

Pour la microscopie électronique

Déroulement de l'UE

Dans un premier temps, l'étudiant choisira le sujet d’étude qu'il souhaite réaliser.

Une fois le sujet choisi il faudra qu'il étudie sa faisabilité du point de vue scientifique mais aussi du point de vue temporel et pécunier.

Après avoir récupéré les échantillons, l'expérience sera réalisée puis les échantillons observés en microscopie électronique en transmission ou à balayage.

Finalement les résultats obtenus seront restitués sous la forme d'un court article scientifique

Exemple :  Teil,  Januel et Long, decembre 2017

Exemple : Malivert et  Mollier, décembre 2017

Modalités des contrôles des connaissances

Aucun pré-requis n'est nécessaire

60% de controle continu sur les compétences à mener un projet du début à fin, faire face aux imprévus, persévérer, se remettre en question, revoir ses ambitions, rassembler les résultats non prévus.

40% de contrôle final  correspondant à une restitution des résultats sous forme d'un court article scientifique

Encadrants

Dominique Baas : dominique.baas@ens-lyon.fr

Christophe Tréhin : christophe.tréhin@ens-lyon.fr

 

Pour la microscopie optique

Les étudiants choisiront un projet de recherche reposant sur l’imagerie qui répondra à une question scientifique précise. Ils concevront les expériences puis prépareront leurs échantillons biologiques pour les observer en microscopie optique à fluorescence confocale en utilisant en particulier les derniers développements comme la microscopie optique à super-résolution.


Dans la seconde partie de l’UE, les étudiants traiteront les images obtenues à l’aide de logiciels numériques afin d’améliorer la qualité de l’image et de la quantifier. L’analyse et l’interprétation des résultats obtenus seront finalement réalisées au regard des phénotypes attendus et de la question biologique initiale.