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UE Evolution Moléculaire, Bioinformatique

Responsable : Dominique Mouchiroud

6 crédits ECTS, 30h de cours, 15h de TD, 15h de TP

 

L’évolution moléculaire est considérée comme l’étude des processus évolutifs et de la généalogie du vivant (phylogénie) à l’aide de marqueurs moléculaires. Cette discipline s’est imposée comme essentielle à la compréhension de l’organisation des génomes, et à la recherche de régions fonctionnelles dans les génomes. Dans ce module, nous nous focaliserons sur les recherches actuelles concernant la dynamique des génomes et en particulier quels sont les facteurs qui influencent cette dynamique et comment ces facteurs peuvent varier d’une espèce à l’autre en fonction notamment de l’écologie de l’organisme. Comment l’environnement auquel sont soumis les organismes peut laisser des traces dans les génomes et ainsi permettre de faire des inférences sur les paléoenvironnements ou la paléoécologie.

Le cours est constitué de deux parties : une partie méthodologique avec des rappels des outils et concepts utilisés en évolution moléculaire (génétique des populations, bioinformatique, test de neutralité, ….) et une partie centrée sur de grandes questions actuelles en évolution moléculaire (mise en place du sexe, évolution des répertoires géniques, ….). Les liens entre la dynamique des génomes et l’écologie des organismes seront au centre des questions abordées.
Le cours est complété par une série de travaux pratiques sur machine permettant aux étudiants d’acquérir des compétences en bioinformatique et la maîtrise des tests en évolution moléculaire.
Des analyses d’article avec présentation orale permettront à la fois d’approfondir le cours et de compléter ce dernier à l’aide d’articles abordant des questions nouvelles en évolution moléculaire.